成立初期
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深圳足球俱乐部由容志行、曾雪麟等人努力下在1994年1月26日正式挂牌组建，是一家会员制职业足球俱乐部，规模为12名团体常任会员、100名团体会员和300名个人会员。但后来转为股份制职业足球俱乐部，是广东省最早成立的职业足球俱乐部之一，以“国内领先、亚洲一流、世界知名”为俱乐部的目标。
球队成立首年在首任主教练胡之刚的带领下，获得乙级联赛冠军，次年（1995年）升入甲B联赛并获得当年冠军，并于成立第三年（1996年）升入当时的中国足球顶级联赛甲A联赛，率先创造了中国足坛一支球队从成立到进入顶级联赛的最快纪录，凭借“三连跳”的表现创下了足球圈内的深圳速度。但球队于同年因战绩不佳重新降入甲B。
1997年1月，平安保险集团全资收购深圳足球俱乐部，三年会员制时期终结。俱乐部改名深圳平安，获得甲B联赛亚军，重新得到甲A联赛晋级资格。
1998年，在经历了前半赛季的的帅位更迭后，亚洲足壇名宿、韩国人车范根在赛季半程从韩国国家队卸任加盟担任主教练，车范根亦是俱乐部首位外籍主教练。1998年底深圳足球俱乐部收购当时火车头一线队队员，其中包括此前已在深圳队踢了半年联赛的李玮锋及李毅、鲍文杰、杨光等人。1999年，车范根再度率队保级成功，帮助深圳队在顶级联赛立足。车范根时期，深足球迷曾打出特色横幅：“车到山前必有路 ”来激励球队。
2000年代
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2000年至2009年
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2000年，巴西人塔瓦雷斯因“平安六君子事件”下课，领队朱广沪接替成为深圳足球队的主教练[1]，甲A联赛获第九名。
2001年，在主教练朱广沪的带领下，球队获得了联赛第五名，在此后的数年间深圳足球队开始成为中国足球联赛的强队之一。
2002年，球队开始在甲A联赛中崭露头角，获得了联赛半程冠军，是继大连实德、上海申花后第三支获得过联赛半程冠军的球队，并最终以扑克牌抽签方式获得联赛亚军，这是球队在甲A联赛的最佳成绩。12月，广东健力宝集团从平安保险集团全资收购深圳足球俱乐部。
2003年，深圳足球俱乐部也更名为深圳健力宝足球俱乐部，最终获得联赛第四名。这段时间球队实力有了长足进步，拥有李玮锋、李毅、杨晨、郑智、郑斌等国脚，成为当时拥有现役国脚最多的甲A球队，再加上阵中多名外援国脚和本土实力派球员，球队开始被球迷称作“皇家健力宝”。[2][3]
2004年，深圳健力宝成为中国足球超级联赛的创始球队，並在朱广沪带领下，球队在七个月未发工资和奖金的情况下[4][5]夺得了自己的首个联赛冠军，成为第四支染指过頂級联赛冠军的球队及首支夺得頂級联赛冠军的广东省球队[6]，并且和山东鲁能一起获得了参加2005年亚洲冠军联赛的资格。由于2004年甲A联赛变身中国足球超级联赛（简称“中超”），深圳队也成为了首届中超冠军。球迷对朱指导感激不尽， 坊间曾流传：人中吕布，朱中广沪的说法。
主条目：2005年亚足联冠军联赛
2005年，深圳隊在亚足联冠军联赛一举杀进最后四强，但在半決赛兩回合总比分0-6败给了当届亚军艾恩而无缘决赛。[7]但由于俱乐部资金紧张，经营不善，球队财政状况糟糕，再加上在队中地位颇高的主教练朱广沪被中国足协选中，离开球队担当国家队主教练，引致队內一批国脚和实力选手出走，球队实力大受影响。随后，迟尚斌担任主帅，欲从严治军，却与球队中的一些“大佬”球员（后迟与当时俱乐部总经理杨塞新将其称之为“球霸”）关系紧张，球队成绩差强人意，迟也被迫下课[8]。在这一年內球队竟換了三位主教练分別是迟尚斌、郭瑞龙和谢峰[9]，结果在中超联赛26场比赛只有4场贏球，在14支球队中仅列第12名，成为中国足球职业化12年來成绩最差的卫冕冠军。尽管有种种困难，球队在中超杯获得亚军，并在亚洲冠军联赛中一路杀进半決赛，创造了不错的成绩。进入亚冠四强也是自中超联赛成立以来中国俱乐部至当时为止在亚冠联赛上取得的最好成绩。11月，广东健力宝集团转让深足90%的股权给汇中天桓财团，並继续拥有深足的10%股权。此后，深足的股东多次发生变动，最终由與澳門賭場有關聯的“港商”杨塞新成为大股东，但是健力宝集团始终直接持有深足的10%股份。
2006年，球队获一家深圳本地知名啤酒企业出资冠名，而冠名为深圳足球俱乐部金威啤酒队[10]，这个赛季聘请了在廣東足壇頗有淵源的王宝山担任主教练[11]，但无奈于实力派球员纷纷被套现出走，最终仅以第十一名完成中超。2007年，球队获一家广州企业赞助，而冠名为深圳香雪上清饮足球俱乐部，並为了赞助商的要求將其中五场中超赛事移師到广州進行，但最後只將兩场中超搬到广州的广东省人民体育场進行[12][13][14]，最终张军率自己由梯队一路带起的年轻球员以薄弱的阵容获得第十四名完成賽季，成功保級留在中超。但赛季结束后，号称对球队成绩和表现极度不满的投资人杨塞新宣布出让深圳队，不再投入。
2008年，在赛季開始之前，深圳队就几乎面临无人接手濒临解散的危局，最终通过深圳市足协托管而保留下来。在首轮比赛后，深圳队客战上海申花失利，随后深足俱乐部宣布麦超因广州足协召回而下课，创下了中超联赛以来主教練下课最早纪录。[15]原领队及梯隊教練张增群接任主教练一职，前主教练王宝山随后加盟担任技术顾问。得益于武汉光谷退赛，并凭借当季并列联赛金靴安哥拉外援约翰森和半程加盟的老将宋黎辉后半程的爆发，艰难地在中超再度保级成功。赛季结束后，自深圳队建队后便一直使用的训练基地——笔架山基地，由于要改造成2011年世界大学生运动会的训练场馆，被拆除重建，故深圳队也不得不搬离这里，开始了没有固定训练基地的流浪时期。
2009年，以万宏伟为代表的财团及建隊元老球員范育红的深圳南山少年足球俱乐部正式宣布收购深足全部股份，成为深足新股东，俱乐部注册名称暂为深圳亚旅足球俱乐部。深足前队员范育红、李远平分別出任俱乐部总经理兼主教练、助理教练，前主教练路建人出任领队、守门员教练及新闻发言人，甲A时期的人气教练塔瓦雷斯回歸出任技术顾问兼执行教练。足坛元老、前国家队主教练，同樣亦是建隊元老的曾雪麟亦重返深足，担任球队的总顾问。广东健力宝集团持有的深足10%股权成功转让，“健力宝”已完全退出深圳足球俱乐部。在第二回合“广东德比”中1比6大败使得范育红失去了帅位，另一前球员和教练谢峰回归上任，并被一度视为2004年的冠军主帅朱广沪回归的前奏，但随着朱广沪转而加盟陕西浐灞而破灭[16]。9月23日，深圳足球俱乐部由俱乐部股东发起成立的红钻公司冠名球队为深圳红钻足球队，并且成为第一支尝试实现自创品牌、自主经营、自我冠名的中国职业足球俱乐部。在主场对上海申花的比赛後，因“错穿球衣”事故而被中国足协倒扣联赛积分3分的极度不利情況下，球队在联赛最后10轮取得6胜4平的不败战绩，完成了保级。半程從上海申花租借來救駕的外援神射手埃尔南·巴尔克斯以17个进球（代表深圳队14场攻入14球）荣获2009赛季中超联赛金靴。
2010年代
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2010年至2019年
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2010年，来自塞尔维亚的塞浦路斯前国脚射手，亦是前贝尔格莱德红星队主教练的高歌奇成为深足的主教练。崇尚进攻理念的高歌奇帶領傳統上以防守反击著称的深足在前四轮取得3胜1平，一度令人意外地跃至中超榜首。但从第五轮客场負于陕西浐灞开始，球队就陷入9轮不胜(3平6负)的尴尬。5月15日，深足俱乐部召开新闻发布会，宣布贵州茅台集团正式成为深圳队的主冠名商，贵州茅台保健酒业将买断深足胸前广告，并冠名赞助球队为期三年，贊助金額总计超过一亿元，球队冠名为深圳茅台红钻队。深足在经过一个过山车般的赛季后，在最后一轮方宣告保级成功，2010赛季深足最终排名第12位。半程加盟的新西蘭國腳 基伦以14场进8球成为队内最佳射手，日夫科维奇则以10个助攻荣获隊內及中超助攻王。
2011年2月22日，绰号“白巫师”的法国名帅特鲁西埃担任球队的主教练，合同期限为三年。他签下了卷诚一郎和乐山孝志两名日本球员，这也是中超联赛史上首次出现日本外援。因要让路大运会，深圳队要将大部分主场比赛迁到惠州和博罗体育中心进行。联赛上半程，全队2胜2平12负只拿到8分，为球队最终降级埋下了伏笔。其中在惠州的最后一个主场比赛，深圳队战胜大连实德，是深圳队首次在主场联赛中击败大连实德，上一次深圳队在联赛击败大连实德是2002年甲A联赛的客场比赛。在大运会结束后，宝安体育场成为球队的新主场。但这个赛季球队仍在特鲁西埃過于激进的年轻化换血和战术改造下，尴尬地刷新了多项球队的队史记录——单一赛季中超积分最少（23分）、客场一场不胜(4平11负)、失球最多（53球）及输球场次最多（17场），在顶级联赛屹立14年后再度降级，同时深圳队也成为在职业化后首支從顶级联赛降级的前冠军球队。
2012年，特鲁西埃以俱乐部划给的全权转会决策权和充足引援资金，在季前便引入11名新援，剑指冲超。深圳队在草皮良好的主场宝安体育场可打出精彩取胜的传控足球，却在客场屡屡受制于不适合地面推进的草皮状况，而且自身缺乏可变通的战术和及时的临场調動。在客场仅取得2胜2平，却有8场输球和连续7轮客场不胜后，深圳队早早基本失去了冲超机会。但新加盟的法国外援射手巴巴卡以23粒进球夺得中甲金靴，并打破此前李毅保持的队史上单季进球纪录。赛季结束后，俱乐部选择继续留用特鲁西埃，辞退了两位一度在赛季中后期代理带队的助理外教。
2013年，队长和后防中坚弋腾以高達一千万人民幣的队史第一高价离队。開局四連主場，深足在雨後對弱旅湖北華凱爾率先失球後反超，險些開局便翻船，隨后接連完敗潛在的沖超對手廣東日之泉和哈爾濱毅騰。直到第五輪賽季第一個客場，并且憑借張世昌的神勇表現從狀態火熱的北京八喜主場圍攻中全取三分，取得深足在特魯西埃近3年治下仅有的第4場客場勝利。該場險勝成為了賽季首個分水嶺，深足卻以聯賽6連勝打破了队史中的联赛连胜纪录（4連勝，期間另有一場主場足協杯賽入3球，總計為全部一隊賽事7連勝）。但在隨后的一周長途客場雙賽中先后失利，不过球隊并未受太大影響再取三連勝，逐漸追近領頭羊河南建業，不過在上半賽季最后一輪直接對話的榜首大戰中客場遺憾小負。儘管被河南建業擊敗甩開，但深足仍取得半程亞軍的冲超有利位置。緊接而來连续四連客场中，深足遭遇不顺难保清白，凈吞10球僅取1分，自此一落千丈。后半程联赛客场全部九輪不胜仅得两个积分，再度滑落出冲超集团。赛季结束时，积分僅排名第五。与此同时，主帅特魯西埃也合約到期离任。隨后俱樂部宣布了下賽季的新贊助商小牛資本，并由中方教练组中的李毅担任代理主教练，王宏伟担任助教，后均转为正式任命。
2014年，深足在世界杯休战期前半年尚且稳扎稳打，尽管俱乐部累积的拖欠薪水和奖金问题逐渐恶化，并深陷转让传闻中，但仍取得了中上排名，并非全无冲超希望。但俱乐部的转让进程由于以往累积的股权乱局和万宏伟要求保留少部分股份的条件，从5月起就开展却难以成交，从而使得球员和俱乐部间的欠薪矛盾在随后以一种极端的形式爆发。2014年7月15日，深圳红钻在主场深圳宝安体育场进行的中国足协杯第三轮赛事以0：5惨败山东鲁能，但是赛事焦点却集中在了深圳红钻队员赛前讨薪事件上。队员们赛前就因被欠薪而计划放弃本场比赛，经各方一番紧急沟通后，深足队员同意参赛，但球员仍以特殊方式表达对欠薪的不满。在本场比赛开始前，深足队员们举起上面写道“请求政府足协帮助，球员生活已无法维持，还我血汗钱”的横幅。在裁判吹响开赛哨后，深足队员们面向本方的球门默站了足足30秒，以示对俱乐部长期拖欠薪酬的抗议，事后迅速在全国引起热议。足协也立刻发出工作组到深圳调查并维稳，尽管作出了再不解决欠薪就会遭到扣分以及乃至明年不准予注册参赛的警告，但仍无助于解开俱乐部本身积重难返的结。在代表其中一家竞购方的新任俱乐部副总，亦是深足的老面孔的孙刚和教练组的努力下，只能偶然收到俱乐部通过高利贷等预支手段筹发的基本薪水的球员没有再出现通过集体罢训罢赛抗议的情况，但球队在时常遭遇外援因欠薪拒绝出赛的困难而难保理想成绩。不过俱乐部仍实现了提前保级并尽量攒分以预防足协可能作出的扣分处罚，最终以第十名结束了一个场上偶有亮点，场下却行走于解散边缘的困难赛季。
2014年12月19日，俱乐部召开记者招待会宣布深圳兆能源酒店供应股份有限公司通过注资的方式获得俱乐部55%的股权并成为新控股方，原控股方红钻公司保留45%股权。同时，俱乐部名称改为中性的深圳足球俱乐部，同时球队的主场在时隔四年后回到深圳体育场。
2015年赛季因为开局成绩不佳，主教练李毅被迫下课，从第五轮联赛开始韩国籍教练李林生执教球队，不过他执教19轮联赛后因球队内部矛盾重重，李林生已经失去了部分球员的信任，俱乐部在无奈之下只能再度更换主教练，由球队体能教练李海强担任执行教练，经历二度换帅后球队以第12名完成赛季。
2016年2月，佳兆业集团入主深圳足球俱乐部，由于接手球队时间较迟，深足在球员引进等方面的操作时间所剩无几，人员没有得到及时的补强，不过，球队在主教练唐尧东的率领下，开局阶段取得了不错的成绩，同年7月佳兆业邀请前荷兰球星西多夫担任球队主教练。12月俱乐部再官方宣布由瑞典名帅埃里克森出任球队主教练。
2017赛季初，深足在埃里克森的带领下取得了联赛开局五连胜的好成绩，但随后却一蹶不振，在接下来的8轮联赛中5平3负一胜难求，埃里克森也随即下课。6月14日，俱乐部官方宣布王宝山出任主教练。这也是王宝山第二次执掌球队的帅印。[17]
2017赛季中甲联赛第一轮深圳佳兆业主场6比0战胜大连超越
2018年4月，球队联赛开局的5轮只拿到5分后王宝山下课，随即聘请曾在2017年带领大连一方成功升级中超的卡罗担任主教练。2018年11月3日，中甲最后一轮，深足主场5-0大胜浙江毅腾。由于同时进行的比赛中浙江绿城客场1-2负于梅州客家，深足在积分榜上反超浙江绿城，获得第二名，时隔七年成功重返中超。
2019年因深圳体育场进行升级改造，球队将主场迁到深圳大运中心并承办中超赛季开幕式于揭幕战以3-1击败河北华夏幸福取得开门红。5月1日在中国足协杯第4轮深圳佳兆业对阵上海申花的比赛中，深圳佳兆业未满足赛事对U23球员的上场人数要求，赛后被判0-3负，成为首支违反U23政策的球队。作为升班马，深圳队有着非常惊艳的开局，中超前4轮他们拿到2胜1平1负，然而就此开始直线下滑。5月初击败上海申花的比赛后，深足开启一波12轮不胜，导致带队冲超成功的主教练卡罗下课，改由意大利名宿多纳多尼接任。
2020年代
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2020年至2023年
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2020年，深圳佳兆业开始全方位的改造，而俱乐部下出的第一步棋就是让前天津权健副总经理丁勇出任俱乐部总经理，又聘请张效瑞出任球队助理教练。随后在丁勇丰富的人脉资源帮助下于转会市场动作频频，分別引进郜林、哲马伊利、王永珀、裴帅和郑达伦五大国脚级强援加盟球队。同年5月23日，中国足协公布三级联赛准入名单。由于天津天海退赛，原本已经降级至中甲的深圳佳兆业得以递补重返中超。7月再官宣孙可、姜至鹏、张鹭等14位球员加盟球队，连同此前引进的球员合共多达19人加盟当中有不少天津天海旧将。本赛季深足表现平平，第一阶段以5胜2平7负的成绩落入保级组，第二阶段先是两回合1-3败给第一阶段未尝胜绩的天津泰达，之后在第17、18轮以总比分3-2淘汰石家庄永昌，保级成功。
2021年8月15日，2021年中超联赛第一阶段比赛全部结束，深圳队进入到第二阶段争冠组。
深圳足球俱乐部与外教卡洛斯团队的合同于2021年12月31日到期，双方经过友好协商决定不再续约。由助理教练张效瑞代理深圳队主教练一职，指挥本赛季最后两轮比赛。
2022年1月4日，深圳队0-1不敌北京国安，结束了2021赛季的所有比赛，以9胜5平8负的成绩取得中超第六名是球队自2004年夺冠后中超最佳成绩，足协杯则于八强止步。
2022年2月，聘请李章洙担任球队主教练。同年9月俱乐部宣布，李章洙不再担任球队主教练，再次任命张效瑞为代理主教练。
12月19日，中超联赛第29轮补赛山东泰山对阵深圳队，本场比赛因不可抗力因素，深足多名一线队队员无法出场，派出多名U21梯队的小将首发出场，最终深圳队0：8负于山东泰山创造队史最大败仗。
阵中虽有一帮过气国脚，成绩也不行，好在有两支广州队、一支河北队长期一胜难求打底，球队也没有保级压力。
2023年赛季开始前，原本因上赛季欠薪问题尚未解决而不能参赛的深足，在足协的"法外开恩"下通过了资格审核。与此同时，尽管队内有球员重新签订了大幅降薪的合同，但深足依然无力支付。2024年1月22号，因无力偿还债务，深圳队宣布解散。
而从中超第10轮主场战胜梅州客家后，深圳队在20场中超的战绩，是惊人的1平19负，只在第18轮客场3比3战平天津拿到了1分，深圳队以耻辱的12连败降级。更为尴尬的是，深圳这12连败中，总失球达到了31个，进球只有4个，最后5轮更是颗粒无收。
这次深足的12连败，在中超的连败纪录中位列第三。
解散
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2024年1月22日，深圳市足球俱乐部发布声明称，因严重的债务使球队难以为继，未能通过2024年赛季职业联赛准入，无法继续征战中国足球职业联赛。
深足在建队30周年之际官宣解散，是继大连实德和江苏苏宁之后，成为中国职业联赛历史上，第三支退出历史舞台的顶级联赛冠军球队。
